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自動進樣器可以在無人照看的情況下進行連續(xù)自動進樣工作，對于進樣樣品的基本要求是無微粒和其他能阻塞針頭、連接管路和進樣閥的物質(zhì)。在進行樣品制備的時候，要在光線下檢查樣品有無顆粒、渾濁或乳化的現(xiàn)象，必要時用0.5um的過濾器過濾。

樣品介質(zhì)效應和貯存條件不佳，也會導致實驗結(jié)果的準確度差。如鹽水稀釋過的血漿樣品在小瓶中冷凍后融化進樣，振搖小瓶后手動進樣精確度好，不經(jīng)振搖自動進樣，峰高逐漸降低。這是因為小瓶冷凍時從頂向下冷凍，因鹽析作用使樣品中的被分析物沉于瓶底，融化后第一次進樣濃度最高，以后瓶中的分析物慢慢擴散，瓶底濃度越來越稀，峰高也越來越低。

為了減少色譜峰加寬效應，樣品達到柱之前最后稀釋液的強度應小于流動相強度的一半。水溶性混合樣品可直接進樣，如果樣品是從有機溶劑中萃取出來的，則需要進行稀釋。用弱溶劑可使樣品在柱頭濃縮，不會因柱前連接管路使色譜峰變差。